Durante suas pesquisas, Dr. Eduardo Joaquim Lopes Alho produziu ferramentas de software para análise de imagens. Alguns destes códigos são de código aberto e podem ser vistos e baixados na plataforma Github, conforme os links abaixo.

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• Criação e desenvolvimento do SymMetric v1.0, um software desenvolvido em Matlab que permite avaliação de múltiplos critérios a partir de fotografias, para análise e seguimento pós-tratamento de pacientes com deformidades cranio-faciais. Este estudo foi publicado na revista Childs Nervous System em dezembro de 2019. Os códigos podem ser baixados no link https://github.com/ealho/SymMetric_v1.0.git

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• Uma pipeline computacional que permite realizar correlação entre imagens de histologia cerebral com imagens de ressonância magnética foi desenvolvida pela cientista da computação Maryana Alegro. Este trabalho pode ser acessado aqui.  Para que fosse possível adaptar esta pipeline para outras pesquisas, dr. Alho reescreveu grande parte dos códigos e reorganizou a pipeline de processamento, documentando o seu uso para que outros cientistas possam utilizar a metodologia em seus trabalhos. ​Estes códigos podem ser baixados no link https://github.com/ealho/MRI2histology_pipeline.git